Ab 1528 wurde die ganze Insel zur Festung ausgebaut um den militärischen Hafen von Elounda vor der türkischen Flotte zu schützen.
1898 wurde Kreta unabhängig und türkische Einwohner zogen sich zurück. Ab 1903 wurden alle Türken verpflichtet Kreta zu verlassen aber die Türken auf Spinalonga wollten nicht. Um diese Menschen dazu zubringen die Insel zu verlassen wollte die Regierung ihnen einen Schrecken einjagen. Alle leprakranken Kretas wurden nach Spinalonga gebracht. Die Türken verließen die Insel und Spinalonga wurde zur Lepra-Kolonie.
1953 wurde ein wirksames Heilmittel gegen diese Krankheit gefunden , 2 jahre später galt sie dadurch als nicht mehr als unheilbar und 1957 wurden die letzten dort lebenden Leprakranken in die Freiheit entlassen.
Seit 1970 ist die Insel eine touristische Attraktion.
Der Name Spinalonga ist italienischer venezianischer Herkunft. Der Orginalname auf griechisch war Stin Elounda.
